采購中心作為公司重要的業務部門之一，對內是公司的成本中心，通過精細化的內控管理促進公司各項運營指標的達成，努力提升公司的運營質量及效益；對外是公司的拓展中心，通過做好供應商客戶的溝通與維護，爭取資源、把握機遇，持續引進優質藥品、醫療器械、中藥飲片和其他健康產品，積極推進公司的業務發展。采購中心不僅是一個銜接著上下游環節的紐帶部門，也是一個服務于內外部客戶的窗口部門。采購中心現有員工52名，是一支有凝聚力、戰斗力和執行力的團隊，并建立有良性的競爭更替與合理的完善補充機制，不斷提升每名員工的專業素養與職業水準，持續做好部門的人才培養與梯隊建設，始終保持采購團隊的活力與進取心，為公司的可持續發展貢獻力量。
風起揚帆正當時 凝心聚力再出發——國控北京召開2020年度工作會
醫院營銷中心于2016年1月成立，是國藥控股北京有限公司的支柱部門，業務銷售占公司整體份額70%以上。醫院營銷中心立足于北京市場，與眾多國內外知名廠商保持良好戰略合作。中心擁有完善的品種結構，以合資進口、國產新特藥為主導，以毒麻藥、精神藥品、生物制品、醫美、糖尿病及心腦血管、止痛、抗腫瘤等系列用藥為特色產品經營。醫院營銷中心以市內二級醫院為銷售重點，北京市所有區縣二級以上醫院客戶達220余家，形成了覆蓋全北京的高效能營銷網絡。
公司的職能管理部門包括：總經理辦公室、人力資源部、風險與運營管理部、質量管理部、信息技術部、客戶服務部和黨群工作部。按照公司提出的“所有部門都是業務與服務部門”的統一理念，各職能部門在公司的經營發展與運營保障方面群策群力、緊密協同，以堅持科學及規范化的管理為基礎，以持續提升服務水平與質量為目標，努力的為各經營單位提供行政事務、人才規劃、運營指導、質量保障、信息支持、客戶服務、黨群事務等方面的一體化優質解決方案，并致力于成為各業務單位的“契合式發展伙伴”。